El 14 de septiembre de 2000, el lanzamiento de “Windows Me” que incluye la última versión del Microsoft MS-DOS, la versión 8.0.  

Desde el lanzamiento de Windows 95 hasta Windows NT, MS-DOS se agregó como un producto completo utilizado para el arranque, para solucionar problemas y tener compatibilidad con antiguos juegos DOS.

El MS-DOS aunque se lanzaba como un producto completo no fue considerado como un producto independiente.

Las únicas versiones de MS-DOS actualmente reconocidas como sistemas operativos independientes por Microsoft son MS-DOS 6.0 y MS-DOS 6.22, los cuales quedan disponibles para su descarga a través de la MSDN, licencia por volumen, y sitios web asociados.

MS-DOS todavía se utiliza en los sistemas integrados x86 debido a su sencilla arquitectura y el mínimo de memoria y procesador. 

En Windows Me, los archivos del MS-DOS como el controlador para el soporte de CD-ROM fueron suprimidos del disco de arranque y los archivos de inicio (AUTOEXEC.BAT y CONFIG.SYS) ya no tenía contenido.

Windows XP contiene una copia del disco de arranque de Windows Me, pero solo funciona como disco de arranque. Esto sólo se puede acceder por el formato de disco como “disco de inicio de MS-DOS”.

En Windows NT, el intérprete de línea de comandos “cmd.exe” mantiene la mayor parte de los mismos comandos y algunos de compatibilidad con archivos de proceso por lotes de DOS.